Die GLS Bank Stiftung wird von der GLS Treuhand e.V. treuhänderisch verwaltet. Stiftungsvorstände sind Nikolai Fuchs (GLS Treuhand) und Thomas Jorberg (GLS Bank) bestellt. Der Stiftungsrat besteht aus vier Personen, von denen zwei aus dem Aufsichtsrat der GLS Bank und zwei aus dem Aufsichtsrat der GLS Treuhand stammen.